Миколаївська церква-усипальниця М.І. Пирогова є складовою частиною Національного музею-садиби.

Після смерті М.І. Пирогова (5 грудня 1881 року) тіло вченого було набальзамовано петербурзьким лікарем Д.І. Виводцевим.

Для подальшого збереження останків покійного його дружина Олександра Антонівна придбала ділянку сільського цвинтаря, де було споруджено склеп. Спочатку над склепом збудували тимчасову каплицю, а незабаром О.А. Пирогова звернулась до єпископа Подільського і Брацлавського за дозволом на будівництво церкви над склепом. Такий дозвіл вона отримала. Взимку 1882 року в урочистій обстановці відбулося закладення храму, будівництво якого проводилось за проектом київського академіка архітектури В.І. Сичугова.

Храм споруджений над усипальницею вченого в 1885 році, освячений на честь святителя Миколи Чудотворця, який вважається одним з самих великих і шанованих святих.

З 1980 по 1985рр. проводилися ремонтно-відбудовчі та реставраційні роботи церковного комплексу, а з 1992 по 1997 рр. – реставраційні роботи внутрішнього інтер’єру: монументального живопису, іконостасу, ікон і ін. В цілому вдалось відтворити первісний вигляд церкви-некрополя М.І.Пирогова.

У святкові дні і знаменні пироговські дати у церковному комплексі відправляються богослужіння, звучать духовні твори М.Д. Леонтовича, Д.С. Бортнянського, К.Г. Стеценка, П.І. Чайковського, лунають дзвони.